El malvado Shredder tiene un unico y perverso plan acabar con los cuatro superheroes Tortugas Ninja Mutantes Raphael Leonardo Michelangelo y Donatello. Para ello secuestra al profesor Jordan Perry creador del ”Moco Verde” que hace posible la mutacion de las Tortugas. Poco despues Shredder aplica la preciada sustancia a dos criaturas que acaba de reclutar convitiendolos en terribles e imponentes guerreros ninja que lucharan e intentaran terminar con los superheroes. Sin embargo estos logran hacen frente al peligroso criminal con la ayuda de su maestro Splinter la elegante periodista April y el repartidor de pizzas Keno.